金陵科技学院图书馆由原金陵职业大学图书馆、南京农业专科学校图书馆合并组建而成。图书馆与学校发展同频共振，以培养高素质应用型人才为任务，已初步建成符合学校发展战略目标的现代化大学图书馆。

图书馆中心馆设在江宁校区，幕府校区设分馆，总面积为41056平方米，拥有阅览座位共3140席。其中，江宁校区图书馆馆舍面积为34118平方米，馆内共7层，其中一楼为办公区及报告厅，公共区域分布在二到七层，二楼建有特色馆——南京动漫图书馆及南京动漫科普馆。幕府校区图书馆馆舍面积为6938平方米，馆内共4层，其中一楼为办公区及报告厅，公共区域分布在一到四层。

图书馆设有阅读共享空间、学术报告厅等现代化服务设施，开展了信息素养教育，学校著作文库等信息资源服务。截至2024年6月，图书馆馆藏纸质中外文图书182余万册，年均期刊订购量约228种，电子期刊8万余册，电子图书1159万余册，数据库21个。

南京动漫图书馆位于江宁校区图书馆二楼，是目前全国唯一的动漫图书馆，也是目前国内动漫图书藏量最大、最集中的图书馆。2022年，动漫图书馆获江苏省委教育工委命名为“江苏省高校统一战线同心教育实践基地”。位于江宁校区图书馆五楼的“世界文学之都地标”--“金陵文学汇”，是以南京城市文脉为主题的图书展陈与阅读空间，位于六楼的“职工书屋”为省级“职工书屋示范点”，形成了全心育人育才、全力服务南京的图书馆发展新格局，筑力谱写特色鲜明的高水平新兴应用型大学建设新篇章。