金陵科技学院图书馆由原南京金陵职业大学图书馆、南京农业专科学校图书馆合并组建而成。图书馆中心馆设在江宁校区，幕府校区设分馆，总面积为41056平方米，拥有阅览座位2778席。截至2025年12月，图书馆拥有的纸质文献总量达185万余册，中文藏书184万余册，外文藏书1.6万余册；中外文电子图书438万余册，中外文电子期刊153万余册，学位论文1543万余册，音视频44913小时，电子资源存储总量达36TB。数据库12个，开通试用数据库45个。

江宁馆：

江宁校区图书馆馆舍面积为34118平方米，坐落在学校南北和东西两条主轴线的交汇处，南北与教学区毗邻，舍旁溪水环绕，正门面向风景秀丽的方山风景区，位置独特，环境恬适，是学校的标志性建筑之一。江宁校区图书馆共7层，其中一楼是办公室及报告厅，公共区域分布在二到七层，二楼建有特色馆--南京动漫图书馆。

2楼 服务大厅、动漫图书馆

3楼 H、I、J、K类图书、学习中心

4楼 A-G类图书、阅览区

5楼 N-Z类图书、阅览区

6楼 新书库、有声阅读区

7楼 基藏书库

幕府馆：

幕府校区图书馆位于幕府校区图教楼南侧，馆舍面积6938平方米，共4层，其中一楼部分区域为办公室及报告厅，公共区域分布在一到四层。

1楼 服务台、基藏书库

2楼 学习中心、期刊阅览室、教师资料室、古典文献展示柜

3楼 图书借阅区一（A-I类图书）

4楼 图书借阅区二（J-Z类图书）

职工书屋:

我校职工书屋是省级“职工书屋”示范点。

南京动漫图书馆:

南京动漫图书馆是目前全国唯一的动漫图书馆，也是目前国内动漫图书藏量最大、最集中的图书馆。南京动漫图书馆坐落在金陵科技学院江宁校区图书馆的2楼和6楼，总面积6000多平方米。

一期馆藏了台湾著名漫画家潘志辉先生最初无偿捐赠给南京的17万册动漫书籍、5万件动漫玩具和300部动漫影片光盘，同时还包括中国大陆、台湾地区、香港地区和日本、韩国近几十年出版发行的漫画书以及近4000多名国际著名漫画大师的作品。二期改造完成，采购动漫新书5716册，并使用了动漫图书馆二维码定位导航系统，在原有馆藏基础上新增了动漫图书精品长廊、动漫军事模型馆、动漫沙龙、VR动漫体验区、中国青年动漫资料馆等馆藏区，在动漫图书阅览区增加了休闲阅读区、动漫制作展台模型等展区，提高了读者的使用感和体验感知，增强了用户的满意度。